Bereits seit den zwanziger Jahren des 16. Jahrhunderts fand das Gedankengut des Reformators Martin Luther in der Kuroberpfalz zahlreiche Anhänger, vor allem in den Städten, und gewann alsbald derart an Bedeutung, dass in den vierziger Jahren die altgläubige Position nur noch geduldet wurde. Gleichwohl kam es ob der schwankenden Haltung des Kurfürsten Friedrich II. in der Religionsfrage bis über die Jahrhundertmitte hinaus zu keiner grundlegenden Neuordnung des Kirchenwesens. Die Lage änderte sich jedoch schlagartig, als 1556 mit dem Pfalzgrafen Ottheinrich ein entschieden evangelischer Souverän die Regierung in Heidelberg übernahm. Er erließ noch im Jahr seines Amtsantritts eine Kirchenordnung im Sinne der lutherischen Glaubensneuerung und griff 1557 zum bewährten Mittel einer großangelegten Kirchenvisitation, um die evangelische Lehre nicht nur in der Kurpfalz, sondern auch in den fernen oberpfälzischen Landen vollends durchzusetzen. Aber schon Ottheinrichs Nachfolger Friedrich III. vollzog Schritt für Schritt den Übergang zum Kalvinismus. Beim Versuch freilich, das reformierte Bekenntnis ab 1563 auch seinen Landen aufzuzwingen, stieß er in der Oberpfalz allenthalben auf heftigen Wider­ stand, nicht zuletzt deshalb, weil sein in Amberg als Statthalter amtierender Sohn und Nachfolger Ludwig VI. zeitlebens eine streng lutherische Haltung einnahm. Dieser ließ denn auch nach dem Regierungswechsel von 1576 nichts unversucht, dem Luthertum wieder überall ausschließliche Geltung zu verschaffen. Gleichwohl kam es auch jetzt zu keiner wirklichen Stabilisierung der reli­ giösen Verhältnisse, denn Ludwigs Bruder Johann Kasimir führte ab 1583 als Vormund für den minderjährigen Friedrich IV. durch entsprechende Organisation und Visitation erneut das reformierte Bekenntnis ein. Wieder wurde der Kuroberpfalz der radikale Protestantismus kalvinischer Prägung mit seiner Bilderfeindlichkeit und seinem straffen obrigkeitlichen Regiment aufgezwungen. Er sollte nun ungeachtet des geleisteten Widerstands herrschende Glaubensform bleiben, bis der politische Traum Friedrichs V., des „Winterkönigs", im November 1620 in der katastrophalen Niederlage am Weißen Berg bei Prag ein jähes Ende nahm.
Trotz des Fortgangs der kriegerischen Auseinandersetzungen leitete nun der bayerische Herzog Maximilian l. als designierter Landesherr des Fürstentums Obere Pfalz alsbald eine umfassende Rekatholisierung in die Wege, die mit Umsicht, Ausdauer und gewiss auch Härte, aber ohne maßlose Gewalttätigkeit zum Ziel geführt wurde. Der gegenreformatorische Druck begann unter geschickter Ausnützung der Spannungen zwischen Lutheranern und Reformierten und durch gezielten Einsatz der kirchlichen Reformorden bereits 1623, nachdem Maximilian die versprochene pfälzische Kurwürde erhalten hatte. 1628 dann definitiv zum Gebieter der Oberpfalz geworden, erging am 27. April jenes entscheidende kurfürstliche Mandat, das alle Untertanen vor die Wahl stellte, die katholische Religion anzunehmen oder innerhalb von sechs Monaten auszuwandern.

Inwieweit die Pfarrangehörigen von Zeitlarn diesen häufigen Konfessionswechsel innerlich mitvollzogen haben, wissen wir nicht. Doch dafür, dass sich hierorts die Prädikanten schwer taten, das reformierte Bekenntnis im Volk zu verwurzeln, bietet die „Heimatkundliche Sammlung" von Hans Köppl sprechende Belege. So beispielsweise beklagte der zuständige Amtsrichter in einem Schreiben an den Kirchenrat in Amberg noch im Mai 1619 diesbezüglich den mangelnden Gehorsam der nach Zeitlarn eingepfarrten Untertanen und fügte mit Blick auf die Kommunionpraxis vielsagend hinzu: „Denn ob sie zwar die Predigten besuchen und sich wohl gefallen lassen, so hat sich doch seithero gar keiner zu dem rechten christlichen Gebrauch des Brotbrechens gefunden. Scheuet sich einer vor dem anderen, daß er den Anfang mache. In Zeitlarn ist es ebenermaßen noch in alten Wesen, daß sie sich vor dem jetzigen Pfarrer mit Oblaten kommunizieren lassen."
Das Widerstreben, das die Zeitlarner den kalvinischen Gepflogenheiten entgegenbrachten, verwundert schon deshalb nicht, weil Zeitlarn eine kurpfälzische Enklave war, ringsum eingeschlossen von den pfalz-neuburgischen Ämtern Burglengenfeld und Regenstauf sowie von dem zum Herzogtum Bayern gehörigen Amt Stadtamhof. Das Herzogtum Bayern blieb ohnedies stets dem alten Glauben zugetan, und im Fürstentum Pfalz-Neuburg, das seit 1542 dem Luthertum anhing, setzte Pfalzgraf Wolfgang Wilhelm bald nach seiner Konversion im Jahr 1613 eine schrittweise Rückführung zum Katholizismus ins Werk. Zunächst erfolgte durch den Erlass des Religionsmandats vom 24. Dezember 1615 die rechtliche Gleichstellung der katholischen Kirche mit der lutherischen. Anschließend begann die eigentliche Rekatholisierung durch die Jesuiten. Im Sommer 1617 wurde sodann der katholische Kultus zum allein zugelassenen erklärt, während man gleichzeitig die protestantische Geistlichkeit des Landes verwies. Zuletzt ging man gegen Leute, die besonders zäh am hergebrachten Glauben festhielten, mit Zwangsmaßnahmen vor, wie es im Zeitalter der Konfessionalisierung allenthalben gang und gäbe war.

Angesichts des soeben skizzierten konfessionellen Umbruchs in Zeitlarns unmittelbarer Nachbarschaft entwarf Tobias Schubhardt, der seit 1608 amtierende Landrichter des Gemeinschaftsamtes Sallern-Zeitlarn, ein in der Rückschau recht kurios anmutendes Projekt, das, wäre es verwirklicht worden, dem geschichtlichen Weg der Regental- Gemeinde und damit auch der Entwicklung der Pfarrei Zeitlarn eine völlig andere Richtung gewiesen hätte. Im März 1619 überraschte er seine vorgesetzte Behörde, die Regierung in Amberg, mit dem Vorschlag, in Zeitlarn eine Stadt oder einen Markt zu gründen, damit sich hier aus dem Pfalz- Neuburgischen ihrer Glaubenstreue wegen ausgewiesene Lutheraner ansässig machen könnten. Die Anregung dazu, so führte er aus, hätten ihm mehrere Exulanten aus den Ämtern Regenstauf und Burglengenfeld gegeben, die sich, anstatt nach Regensburg zu ziehen, lieber in Zeitlarn ansiedeln würden, wenn man hier durch die Gründung einer Stadt oder wenigstens eines Marktes günstige Voraussetzungen für das Erwerbsleben schaffe. Für den Landesherrn bringe eine solche Maßnahme seiner Ansicht nach nur Vorteile mit sich, und zwar hauptsächlich in dreifacher Hinsicht: Zum ersten könne man damit rechnen, dass die Einnahmen aus der gewerbeorientierten neuen Stadt um das Drei- bis Vierfache höher sein werden als derzeit aus dem ganzen Gemeinschaftsamt; zum zweiten gewinne die Kurpfalz eine „Verbesserung an Mannschaft", sprich mehr Einwohner, was nicht nur unter militärischem, sondern auch unter wirtschaftlichem Betracht wünschenswert sei; zum dritten verschaffe die Stadtgründung dem pfälzischen Kurhaus einen erheblichen Prestigegewinn, denn die Aufnahme neuburgischer Flüchtlinge, „dieser armen betrangten Christen in solcher halb spanischen Inquisition", werde dem Fürsten bei aller Welt „ein stattliches Lob" eintragen.
Ob Schubhardts Projekt, in dem mit beredten Worten auch die rechtlichen Rahmenbedingungen für eine Stadtgründung in Zeitlarn erörtert sind, in Amberg auf Resonanz gestoßen ist, muss dahingestellt bleiben. Realisieren ließ es sich schon deshalb nicht, weil Zeitlarn wenige Jahre später unter bayerische Landeshoheit kam und wie das gesamte Territorium der bisherigen Kuroberpfalz gründlich rekatholisiert wurde. Sollten sich hier zwischenzeitlich tatsächlich Lutheraner aus Pfalz-Neuburg niedergelassen haben in der trügerischen Hoffnung auf eine Umsetzung des Schubhardtschen Plans, dann sahen sie sich jetzt erneut vor die Frage gestellt: Konfessionswechsel oder Emigration?